Mata kuliah Mikrobiologi Lingkungan merupakan bagian dari mikrobiologi yang mempelajari bentuk, sifat, dan peranan mikrooorganisme di dalam lingkungan (air, tanah, udara). Beberapa bahasan utama dari mikrobiologi lingkungan antara lain mikrobiologi akuatik, mikrobiologi limbah, mikrobiologi tanah, dan mikrobiologi udara