Mata kuliah Botani Cryptogamae membahas tentang Sejarah taksonomi tumbuhan, tatanama tumbuhan (nomenklatur), konsep takson, deskripsi, identifikasi, klasifikasi dan hubungan kekerabatan (filogeni) tumbuhan Cryptogamae yang meliputi : Divisi Schizophyta, Thallophyta, Bryophyta dan Pteridophyta serta contoh spesies yang dapat mewakili tiap kelas.